Guiseppe Ottavio Pitoni est né à Rieti, mais ses parents l'emmènent à Rome à l'âge de onze mois.
À 5 ans, il commence ses études musicales avec le compositeur, organiste et prêtre Pompeo Natale (ou Natali).
À l'âge de 8 ans, il est petit chanteur dans le chœur de l'église San Giovanni Battista dei Fiorentini et plus tard à la basilique des Saints-Apôtres.
Il a étudié le contrepoint avec Francesco Foggia.
Encore très jeune, il devient maître de chapelle à Monterotondo, puis, en 1673, à Assise.
En 1676, il retourne dans sa ville natale, mais l'année suivante, il est de retour à Rome, occupant de nombreux postes importants (de 1696 à 1731 il fut, par exemple, responsable des spectacles musicaux organisés par le cardinal Pietro Ottoboni, et a été plusieurs fois Gardien de la Congregazione dei musici di Roma).
Il a été nommé enfin maître de chapelle de la Basilique San Marco de Rome, poste qu'il a occupé jusqu'à sa mort.
Pitoni s'est principalement consacré à la musique sacrée, et a cultivé le style moderne avec accompagnement instrumental. Mais il est surtout connu aujourd'hui pour ses messes, entre autres œuvres, écrites dans le style de Palestrina, musicien romain lié au Concile de Trente.
La renommée de Pitoni est liée non seulement à ses compositions, mais aussi à son œuvre historiographique Notitia de' contrappuntisti1 e compositori di musica, dagli anni dell'era cristiana 1000 fino al 1700, qui montre sa grande connaissance de la musique savante de tradition chrétienne en Europe occidentale.
